La protéodie (mélodie des protéines)
C’est un des éléments du processus biologique de la synthèse des protéines, mis à jour par Joel Sternheimer, qui a révélé 4 éléments clefs :
- Chaque acide aminé émet une onde dont il est possible de calculer la fréquence.
Chaque acide aminé et sa fréquence correspondent à une note.
Une protéine correspond à une succession de notes de musique, une mélodie. - Si on joue la mélodie d’une protéine à un organisme vivant, la protéine ciblée va «entendre » et reconnaître cette mélodie, qui, alors, agira sur sa synthèse.
On peut réguler l’activité d’une protéine, en jouant la mélodie qui lui correspond. - Réguler l’activité d’une protéine consiste à stimuler ou inhiber sa synthèse.
Si on joue une mélodie stimulante, l’activité de la protéine sera augmentée.
Si on joue une mélodie inhibante, l’activité de la protéine sera réduite.
Il existe 2 gammes dans le système musical de la protéodie:
une gamme stimulante et une gamme inhibante. - Jouer une protéodie , que la protéine reconnait, permet de dialoguer directement avec elle.
La protéodies est un moyen non intrusif de dialoguer et d’interagir avec le vivant
Par exemple: la mélodie du chant de « Walking on the Moon » (Police) contient un extrait de protéodie qui stimule l’activité d’une protéine, impliquée dans la création de nouveaux gènes.
Un autre exemple: La basse de « Billie Jean » (M.Jackson) stimule l’activité d’une protéine impliquée dans la fertilité masculine.
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> Où trouver les protéines ciblées ?
Les protéines ciblées,par l’extrait de mélodie étudiée, sont trouvées dans une base de donnée qui regroupe plusieurs milliers de protéines humaines (https://www.uniprot.org/).
Si elles contiennent la suite de notes de la mélodie étudiée, on peut considérer que l’activité de ces protéines identifiées est régulée par cette suite de notes.
La base de données utilisée, regroupent les protéines sous forme de suites de lettres (Code Fasta. ex: https://rest.uniprot.org/unisave/Q7Z4L5?from=Q7Z4L5.2&versions=2&format=fasta).
Chaque lettre correspond à un acide aminé. Mais une note peut correspondre à plusieurs acides aminés, plusieurs lettres. Ainsi une suite de notes peut correspondre à des suites de lettres différentes. Ex:
| Mélodie | G4 | A4 | Bb4 | A4 | G4 |
| Protéine 1 | L | K | H | K | D |
| Protéine 2 | D | E | H | Q | L |
> Moins on a de résultats, plus ils sont pertinents
Si une suite d’ acides aminés se trouvent dans peu de protéines sur plusieurs milliers possibles, cela indique que cette suite est rare, spécifique, donc pertinente biologiquement. Cela veut dire aussi que l’extrait de la mélodie étudiée, qui fait partie
d’une protéodie qui régule l’activité de quelques protéines ciblées, est pertinente d’un point de vue biologique.
Exemple: La mélodie du chant de « Walking on the Moon » contient un extrait de protéodie qui stimule une seule protéine humaine, sur des milliers possibles.
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> Homologies musicales
Deux ou plusieurs protéines qui contiennent la même suite de notes sont considérées comme étant musicalement homologues, du point de vue du système de la protéodie, même si elles ne contiennent pas les mêmes suites de lettres.
La suite de notes communes est appelée homologie musicale.
Ex: Le début de la mélodie guitare de « Entre dos aguas » (Paco de Lucia), contient un extrait d’une protéodie qui stimule 2 protéines, qui sont alors musicalement homologues.
Une première protéine es impliquée dans la re-aborption de l’eau dans l’organisme humain. L’autre est impliquée dans la réparation de l’ADN, suite aux dommages créés par des rayons ionisants . Plus d’infos….
Identifier des protéines homologues permet au biologiste de comprendre les relations entre ces différentes protéines. Il pourra observer les réactions en cascade des différentes protéines impliquées et faire apparaître une cartographie biologique.
La recherche de protéodies dans les musiques existante peut fortement contribuer à l’élargissement des connaissances en matières d’homologies. En effet il est fréquent de trouver plusieurs protéines ciblées par une seule suite de notes. Ainsi des homologies entre protéines qui pourraient ne pas être trouvées avec le format lettres, peuvent apparaître grâce aux homologies musicales.
> Fonctions biologiques des protéines homologues
Les protéines musicalement homologues sont pertinentes biologiquement, car elles contiennent une suite de notes commune.
Un deuxième niveau de pertinence peut être mis en évidence, si elles ont des fonctions biologiques communes ou qui se recoupent.
Exemple: la mélodie de « PIZZICA TARANTATA – E. BENNATO /C. D’ANGIO » contient un extrait de protéodie qui régule l’activité de protéines, impliquées dans le développement de l’embryon humain.
* Une première protéine stimulée, est impliquée dans la régulation de mécanismes immunomodulateurs permettant au fœtus d’échapper au système immunitaire de la mère, ce qui permet à la grossesse de se dérouler à terme.
* Une deuxième protéine homologue, impliquée dans des maladies rares pendant le développement de l’embryon est inhibée.
Les fonctions biologiques initiées par la mélodie étudiée, concernent le développement de l’embryon et du foetus, dans les meilleures conditions.
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Un troisième niveau de pertinence apparaît, lorsqu’on trouve l’extrait de la mélodie étudiée dans des protéines humaines d’une part et non humaines d’autre part.
La mélodie du chant de « Walking on the Moon » contient un extrait de protéodie qui stimule une seule protéine humaine sur des milliers possible. Cette protéine se trouve également dans 81 autres organismes non humain, dont des baleines et dauphins.
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> Peut-on comprendre pourquoi un musicien crée une mélodie, ou pourquoi celui qui l’écoute, l’apprécie ?
Si des extraits de protéodies peuvent correspondre à des extraits de mélodies, pouvons nous mettre en rapport les fonctions biologiques des protéines ciblées et le contexte de la création de la mélodie, un événement dans la vie du compositeur, les paroles de la chanson ?
C’est une recherche assez complexe, car :
> il faut déterminer si l’extrait de mélodie peut faire partie d’une protéodie
> Il faut trouver les protéines ciblées par cette protéodie, dans une base de données de protéines
> Il faut parcourir la littérature scientifique pour essayer de comprendre les fonctions biologiques des protéines ciblées;
> Il faut demander à un biologiste de confirmer ces fonctions biologiques
> Il faut faire des recherche pour comprendre le contexte de création de la mélodie par le compositeur
> Il faut analyser les paroles de la chanson
Et enfin on peut voir si les fonctions biologiques des protéines ciblées sont en rapport avec les recherches contextuelles sur la mélodie étudiée.
Mais c’est une recherche passionnante, car:
> elle permet d’aider à faire connaitre le système de la protéodie
> elle permet d’enrichir les connaissances du biologiste en matière d’homologie entre protéines, pour comprendre les relations entre ces différentes protéines et faire apparaître une « cartographie biologique » plus grande, grâce aux homologies musicales.
> elle permet de comprendre un des aspects de la création musicale, qui pourrait être liée à l’activité de certaines protéines en fonction d’un contexte particulier.
La création d’une mélodie peut-elle être liée à un besoin biologique ?
Est ce l’homme qui a inventé la musique ou est ce la musique qui a inventé l’homme ?
Ex: Comme décrit plus haut, le début de la mélodie guitare de « Entre dos aguas » (Paco de Lucia), contient un extrait de protéodie qui est impliquée dans la réparation de l’ADN, suite aux dommages créés par des rayons ionisants.
> Les rayons radioactifs font partie de ces rayons ionisants
> Le morceau a été enregistré en 1973. Cela a été un des morceaux phare de Paco de Lucia qui l’a fait connaitre internationalement.
> Or à cette époque, suite au choc pétrolier, l’industrie nucléaire espagnole démarrait, notamment la centrale nucléaire d’Almaraz en Estrémadure. Dans d’autres pays il en était de m^me et des mouvement anti- nucléaire sont apparus.
> Est ce que Paco de Lucia a senti instinctivement le danger nucléaire approcher ?
Sans s’en rendre compte il crée une mélodie qui protège contre les dommages radioactifs.
> Est ce que ses protéines auraient pu l’inciter a créer cette mélodie protectrice ?
Un ami m’a demandé de rechercher des protéodies dans une musique qu’il aime particulièrement « Black or White »(M. Jackson).
La suite de notes du riff de guitare de ce morceau, fait partie d’une protéodie qui inhibe une protéine impliquée dans le développement de l’asthme.
C’est ce que nous avons découvert ensemble, car j’ai fait la recherche devant lui.
Il a été profondément surpris, car sa mère avait beaucoup d’asthme.
Est ce qu’il se protégerait instinctivement grâce à la mélodie de guitare qu’il aime, pour calmer l’activité de cette protéine impliquée dans l’asthme ?
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